Misi utama dari Toko An Naba Mart adalah untuk memberikan akses mudah dan terjangkau kepada produk dan layanan yang diperlukan oleh masyarakat sekitar. Selain itu, toko ini juga bertujuan untuk menghasilkan pendapatan tambahan yang dapat digunakan untuk mendukung program-program sosial dan kegiatan amal yang dijalankan oleh Yayasan An  Naba Jawa Tengah.